冷冻干燥机技术用途十分广泛，包括：

1）实验室：用冻干的方法来保存生物标本、菌种等。此外，冻干被用于准备用做结构研究（例如电镜研究）的组织样品，冷冻干燥也应用于化学分析中，它能得到干燥态的样品，或者浓缩样品以增加化析敏感度。在实验室中一般以台式和小型干燥机为主。

2）制药行业：一些制药厂用冻干的方法来生产抗菌素、疫苗、血清和各种生物药品。在生产中只要使用大型冷冻干燥机。

3）食品行业：用冻干的方法生产食品，主要品种有：蘑菇、大蒜、蔬菜、牛肉、海产品、咖啡等等。也是主要使用大型冷冻干燥机。

4）其他：冻干产品生产几乎包罗万象，诸如各种饮料、调料、快餐食品、小食品、保健食品、水产、肉蛋、食用菌、酶制剂、藻类等等